Anak Indigo terlahir dengan jiwa yang tua, atau tingkat kedewasaan dini pada usia sangat muda atau anak-anak. Sebagian anak Indigo bahkan memperlihatkan pertumbuhan jiwa yang luar biasa sejak usia bayi, seperti kemampuan berpikir analitik dalam memahami fungsi benda-benda, menilai karakter orang dewasa, mengungkapkan maksud hatinya kepada orang di sekitarnya, dan lain sebagainya. Pengaruh perkembangan jiwa yang terlalu cepat itu juga tampak pada pertumbuhan fisik seperti gigi yang muncul lebih cepat, dan kemampuan motorik seperti berjalan dan berbicara yang lebih dulu dari bayi pada umumnya.
Karena kemampuan anak Indigo terletak pada kekuatan jiwanya, maka bentuk fisik secara spesifik banyak terdapat di bagian kepalanya. Ciri yang khas adalah bentuk kepala yang sedikit agak lebih besar dari bayi atau anak-anak pada umumnya, terutama pada bagian lingkar kepala, dan dahi serta kening yang lebih lebar.
Kuantitas otak anak Indigo biasanya lebih besar disebabkan penggunaannya relatif lebih sering sejak usia dini tadi. Mereka berpikir dan menganalisa setiap apa yang dilihat, didengar atau dirasakannya.
Pelebaran pada lingkar kepala menunjukkan penggunaan kemampuan telepati, pada kening adalah analitik, sedangkan dahi adalah visualisasi dan imajinasi citra-citra supranatural.
Bentuk daun telinga pun mempunyai bentuk yang sedikit lebih keluar dari kepala, memanjang pada bagian ujung atas, dan agak menekuk ke atas pada bagian cuping bawah. Lebih kuatnya “insting reptil” merupakan sebab kemunculan ciri binatang yang tergambar pada bentuk daun telinga ini.